学院的前身是国家级重点中专玉溪农业学校，学校成立于1956年，1991年经省教委评估认定为“合格中专学校”;1993年被省政府认定为“省部级重点中专学校”，同年省政府批准建立“云南省玉溪烟草栽培学校”;1996年被省科委、团省委定为“云南省青年星火技术培训示范基地”，并获云南省农业中专教学规范化管理一等奖;1997年省教委命名为“省级文明学校”;1998年被省委、省政府命名为“省级文明单位”;1999年被省委、省政府命名为“文明单位工作先进单位”。

2000年首批步入国家级重点中专行列。于2002年3月22日经省政府批准，国家教育部备案，成立以举办高等职业技术教育为主、面向全国招生的普通全日制公办高等职业学校(即玉溪农业职业技术学院)。学校以“以人为本，学有所长，就业有路，创业有方。” 为办学宗旨。始终坚持从严治校，严谨治学，以培养适应社会主义市场经济需要的具有扎实专业技能的中等应用型人才为目标，实施综合素质教育，注重学生综合素质和能力的培养，历届毕业生以“综合素质高、适应性强、技能过硬、吃苦耐劳”深受用人单位的欢迎。近年来，学校加大毕业生就业指导工作，部分专业实行“订单”教育，实现升学与就业一体化。

经过多年的努力与发展，动物科学系除与省内多家养殖、饲料生产机构建立合作关系外还与国内知名大企业建立了良好的合作关系，如：广东温氏(集团)畜牧科技有限公司、广东瑞昌食品进出口有限公司、广东新广畜牧科技有限公司等企业，形成了具有鲜明特色的“2+1”校企合作人才培养模式，即两年的校内理论、实践教学和一年(带薪)企业顶岗实习。实习结束后，经双方商定，同学可留在实习单位工作，也可以正常参加各种社会召考，从其它途径就业，创造属于自己灿烂的未来。动物科学系毕业生连续多年年终就业率达95%以上。